Nhận thấy việc mất vệ sinh môi trường có thể làm ảnh hưởng đến cảnh quan môi trường và nhất là sức khỏe đời sống nhân dân nên chính quyền xã đã chỉ đạo việc vệ sinh môi trường tới từng hộ gia đình. Ngay từ khi được chọn là xã điểm về xây dựng nông thôn mới, xã đã xác định phát triển kinh tế - xã hội gắn với bảo vệ môi trường sinh thái; từ đó, tiêu chí môi trường được quan tâm đầu tư đúng mức. Năm 2015, xã đã hỗ trợ xây dựng được 367 nhà tiêu hợp vệ sinh cho các hộ gia đình, mỗi hộ được hỗ trợ 1 triệu đồng để thực hiện, và được cán bộ xã hướng dẫn cách làm. Ngoài ra, xã Mậu Duệ cũng đã thành lập được 1 tổ thu gom rác thải tại khu vực trung tâm xã, và đầu tư xây dựng được 1 lò đốt rác thải ,với kinh phí trên 1 tỷ đồng. Đồng thời, chính quyền xã quán triệt đến từng hộ gia đình phải chú trọng thực hiện tốt việc xử lý rác thải, xây dựng chuồng trại gia súc đúng quy trình và phải ở xa khu vực nhà ở; còn các ban ngành, đoàn thể trong xã phải là những người đi tiên phong và làm mẫu cho người dân... Ông Hoàng Thế Đông - Phó Chủ tịch UBND xã Mậu Duệ cho biết:"Đối với vấn đề vệ sinh môi trường nông thôn thì xã đã triển khai trọng tâm, trọng điểm theo tiêu chí nông thôn mới và được sự vào cuộc của nhân dân nên vấn đề vệ sinh môi trường nông thôn trên địa bàn xã thực hiện rất hiệu quả".

Đến thôn Cốc Cai những ngày này, nhiều con đường đã được phát quang, sạch đẹp. Từ khi được xã chỉ đạo việc vệ sinh môi trường, bà con trong thôn đã cùng nhau thu dọn rác tồn đọng, tạo nên không khí trong lành nơi thôn, bản; những nhà được hỗ trợ tiền từ chương trình đã xúc tiến việc đưa chuồng trại gia súc ra xa nhà ở, vệ sinh thường xuyên, để tránh ruồi, muỗi cho cả người và gia súc. Cũng như các thôn khác trong xã, nhiều gia đình ở thôn Cốc Cai từ trước đến nay không có nhà vệ sinh, hoặc có cũng rất tạm bợ nhưng từ khi được xã vận động và hướng dẫn cách làm nên nhiều hộ gia đình đã tự xây được nhà vệ sinh đạt tiêu chuẩn. Ông Nguyễn Văn Thái - Thôn Pắc Luy - xã Mậu Duệ cho biết: "đối với gia đình ông, trong chăn nuôi cần phải có hố để chứa phân, không cho phân thải bừa bãi ra môi trường để đảm bảo vệ sinh cho những người xung quanh và đặc biệt là cho gia đình".

Từ khi thực hiện chương trình, đến nay, toàn xã Mậu Duệ đã có 935 hộ chăn nuôi có chuồng trại hợp vệ sinh và xa nhà ở; 100% số hộ gia đình có nhà tiêu hợp vệ sinh và có 1.123 hộ được sử dụng nước sạch thường xuyên. Thực hiện tốt vấn đề vệ sinh môi trường nông thôn sẽ tạo điều kiện cho việc phát triển kinh tế-xã hội, cải thiện đời sống nhân dân và nhất là nâng cao sức khỏe cho nhân dân. Đây là mô hình tiêu biểu để các địa phương khác trên địa bàn toàn huyện nhân rộng.